よく攪拌しましたが、缶底にゲル（プリン）状の物が残っていましたが、何でしょうか？

攪拌でほぐし切れなかった顔料です。顔料が残った状態では正しい色と異なりますので缶底から棒などを使ってかき混ぜて下さい。